以后穆宗即位，徐阶当权的时候，三人都起复原官。
嘉靖三十八年五月，徐阶晋吏部尚书。这是一个崇衔，因为实缺的吏部尚书还有吴鹏。三十九年徐阶再从少傅晋太子太师，就在这一年，居正从翰林院编修，升右春坊右中允，管国子监司业事。
翰林院编修正七品，右中允正六品，在官阶上进了一品。明代有左春坊、右春坊，管太子奏请、启笺及讲读之事，长官为春坊大学士，其次则有庶子、谕德、中允、翊善，司直郎等官。但是后来都成为翰林官升转的虚衔，没有一定的职务。所以居正实际的职务，只是国子监司业。明代南北两京都有国子监，是当时的国立大学，但是因为只有两个国子监，所以比现在的国立大学，地位更加隆重。国子监底长官是祭酒，其次是司业，就是国立大学校长和副校长。在居正当司业的时候，国子监祭酒是高拱。徐阶、高拱、张居正，是嘉靖末年直到隆庆六年政治界的三个主要人物。
高拱新郑人，字肃卿，又号中元。嘉靖二十年进士。曾为裕王侍讲九年，和裕王的关系很深。世宗自庄敬太子死后，不立太子，裕王便是实际的太子。东宫宫僚，照例是大学士的候补人，所以严嵩、徐阶当政的时候，对于高拱，都是非常地器重，以后高拱升国子监祭酒，便是他们底主张。高拱和居正在国子监同事的时候，他们互相了解，都看到日后两人在政治界的地位。
嘉靖四十年春，俺答自河西踏冰人寇，七月犯宣府，九月犯居庸关。十一月俺答底侄儿吉能犯宁夏，进逼固原。十二月他底弟弟把都儿犯辽东盖州。这一年鞑靼底攻势虽不特别紧张，但是范围很广泛，正面的北方以外，东北和西北都受到他们底蹂躏。敬修《文忠公行实》，特别提到“四十年犯蓟”的记载。这一年鞑靼底进攻，给与居正一个新的刺激，大致他和敬修父子间常时谈到，后来便留下这个记载。
四十年十一月，西苑大火，世宗因为所住的永寿宫被毁，只得暂住玉熙殿。他看到地方又窄又小，和严嵩、徐阶计较。严嵩劝世宗仍还大内，不料触动了世宗无限的伤感。十九年以前，嘉靖二十一年十月底夜间，世宗宿在曹端妃宫里的时候，宫婢杨金英定谋，几乎把世宗勒死，幸亏方皇后来了，才把世宗救活。那时他在惊惶底中间，话都说不出来。方皇后传圣旨，把杨金英、曹端妃都杀了。杨金英的死不说了，世宗眼看端妃被杀，连申辩底机会也役有。端妃底冤枉，世宗是明白的，但是却怨不得救命的皇后。一个温馨的好梦，剩得血腥的回忆。从此以后，他不再回宫了，西苑是他底世界。“啊，严嵩，”世宗想，“大内是回不得的了！”在世宗沉吟底当中，徐阶早看到神态底不安。
“那倒不必，”徐阶说，“最近重盖奉天殿、华盖殿、谨身殿，所余的材料很多，交给工部尚书雷礼，用不到很久，尽可重盖一座。”
“就这样罢，”世宗高兴地说，一边加派徐阶底儿子徐璠为工部主事，负责督工。
嘉靖四十一年的春天，万寿宫盖好了，世宗住进以后，很得意，升徐阶为少师，兼食尚书俸，徐路也升太常少卿。从此严嵩底势力，逐渐地低落；徐阶底势力，便逐渐底高涨。
就在这年，御史邹应龙给严嵩一个严重的打击。初夏是多雨的时节，一个阴雨蒙蒙的日期，应龙在内监家里躲雨。淅淅的雨声在窗外打个不住，应龙和内监说：“近来内里有些什么事咧？”
内监当然知道的。但是说，“啊，说不得，说不得！”
这一来便引起邹应龙底追问。内监只得说道：
事情是这样的。内里来了一个蓝道士，叫蓝道行，扶得一手好鸾。皇上相信的了不得。一天皇上问乩仙，“天下为什么不治呢？”那时乩盘沙，沙地动，你看上面留着几个什么字？啊，说不得，说不得！九个大字，“贤不竟用，不肖不退耳！”皇上吃了一惊，便问贤不肖是那几个。乩仙判着，“贤如徐阶、杨博，不肖如嵩。”皇上又问“那么乩仙为什么不除他呢？”沙，沙，沙！又是一阵，乩盘上还是六个字，“留待皇帝自殛。”相公，你看怎样？当时皇上着实沉吟了一下，不知道是个什么意思。
一场雨声，透漏了内里底消息。看看雨也小了，邹应龙谢过主人，在风雨料峭中回去。这一晚他对着烛光发愁。严嵩是奸臣，凡是御史、给事中，都得替皇上除害。但是想起沈炼、杨继盛、吴时来底前途，何尝不值得担心？一封奏章，要是倒不了奸臣，至少便得充军三千里。可是也许皇上已经动心，只要再动一下，还愁倒不了一个严嵩！应龙真有些踌躇。朦胧之间，他竟昏昏地睡去了。他做了一个梦。据说是在东风中，他带着随从出去打猎。远远地看见一座高山，他对准放了一箭，那箭飕飕地不知那里去了。加上一鞭，他骑着马迎着东风走去，当前又是一座山，可是小得多了。山旁一座楼，下面全是田。田里只看到一堆米，米上盖了草。他晓得北方没有稻田，就算有一点罢，也不会在春天把米苫在田里。奇怪得很。不管他，且发一箭。不发还好，一发以后，只听到哗喇一声，象天塌下一样，米堆倒了！楼倒了，小山倒了，连带大山也倒了。这一场大乱，吓得应龙浑身大汗，原来是做了一个梦。
烛光在东风中摇恍，因为烛花长了，显见得黯淡了许多，满桌都是烛泪。应龙把烛花剪过，重新对着烛光沉思。据说当时他在桌上乱画着“高山，高山”几个字。模糊中他看到“山”字连到“高”字，正是严嵩底“嵩”！“好啊！”应龙拍着案，得到了新的启示。事情是容易了。东面的楼是“东楼”。他在桌上写一个“田”字，上面是“米”，“米”上加“艸”，明明是一个“蕃”字。他明白了，这一枝箭，不让它飕飕地落空，一定对准了射去。在烛光摇恍底当中，他起草，他誊清，一分钟没有放过。这是御史邹应龙底奏章：
工部侍郎严世蕃凭借父权，专利无厌，私擅爵赏，广致赂遗，使选法败坏，市道公行，群小竞趋，要价转巨。刑部主事项治元，以万三千金转吏部；举人潘鸿业，以二千二百金得知州。夫司属郡吏赂以千万，则大而公卿方岳，又安知纪极！平时交通赃贿，为之居间者，不下百十余人，而其子锦衣严鹄、中书严鸿、家人严年、幕客罗龙文为甚。年尤桀黠，士大夫无耻者至呼为鹤山先生，遇嵩生日，年辄献万金为寿，臧获富侈若是，主人当何如！嵩父子故籍袁州，乃广置良田美宅于南京、扬州，无虑数十所，以豪仆严冬主之，抑勒侵夺，民怨入骨。外地牟利若是，乡里又何如！尤可异者，世蕃丧母，陛下以嵩年高，特留侍养，令鹄扶榇南还；世蕃乃聚狎客，拥艳姬，恒舞酣歌，人纪灭绝；至鹄之无知，则以祖母丧为奇货，所至驿骚百故，诸司承奉，郡邑为空。今天下水旱频仍，南北多警，而世蕃父子，方日事掊克，内外百司，莫不竭民脂膏，塞彼溪壑；民安得不贫，国安得不病，天人灾变安得不迭至也？臣请斩世蕃首，悬之于市，以为人臣凶横不忠之戒。苟臣一言失实，甘伏显戮。嵩溺爱恶子，召赂市权，亦宜亟放归田，用清政本！
嘉靖四十一年五月，严嵩底政权倒了。世宗一面降旨安慰严嵩，一面却叫他回籍休养；严世蕃交法司讯问，最后判决世蕃、严鹄、罗龙文，充军边远。世宗对于严嵩还是不时地眷恋，在西苑奉道修雕的时候，永远舍不下这一个撰进青词的老臣。但是徐阶和新进的大学士，那个慈溪才子袁炜，不还是一样吗？
严嵩底政权终于倒了。从嘉靖四十一年到四十四年三月，内阁中只剩徐阶、袁炜两人。袁炜是徐阶底门生，但是这是老远的过去了，袁炜当然不再退让，一切的章奏，他要过问。徐阶底经验多了，在微笑中，一切的事务，都和袁炜商量。徐阶在大学士直庐贴着标语，“以威福还主上，以政务还诸司，以用舍刑赏还公论。”他不做严嵩，他只要做贤相。他赢得一般的好感，但是他也正在计划怎样杀严世蕃，怎样饿死严嵩。对于袁炜，他只是一味地微笑；“小孩子啊，”他想，“待我慢慢地计划。”无疑地，在风和日暖的状态中，整个的政权是徐阶底了。
在严、徐政权的递赠中，我们不要忘去张居正。他曾经劝过徐阶和严嵩明白地干一下。他底计划失败，然而徐阶底计划成功了。他正在重新跟老师学经验。徐阶认识居正是国家栋梁之才，他舍不得让他做杨继盛、吴时来，甚至也舍不得让他做邹应龙，冒着最后一次的危险。他只让居正在幕后活动。严嵩失败以后，居正感觉到无限的高兴，对于自己底政治前途，抱着无限的希望。四十一年底秋天，他有这样几句诗：
狂歌嫋嫋天风发，未论当年赤壁舟。（诗四《壬戌七月望夕初幼嘉陈子嘉二年兄过访次韵》）
佳辰已是中秋近，万里清光自远天。（诗四《中秋前二夜与诸君共集双河寺》）
这年他才三十八岁，究竟还是年轻。他底希望激动了，但是“天风”只是一层虚响，“清光”也不免有些迟疑。“是老师忘去了吗！”他立刻又感到失望，他把希望和失望都交给诗卷。
赋得秋色老梧桐
凉露燕山秋自偏，高梧十寻殊可怜，萧萧落叶当寒井，瑟瑟悲风起暮烟。疑有凤凰鸣碧干，不堪哀怨付清弦，皎月夜窗闲对汝，外人谁识子云玄！（诗四）
这一首诗里“凤凰碧干”是期望，“哀怨清弦”是失望：从期望到失望，正是最大的痛苦。