他认为“士习人情，渐落晚宋窠臼”，（书牍一《答少司马杨二山》）正在计较怎样地给他们一个处分。言官们得到徐阶底保障，议论逐日地激昂起来，穆宗感觉厌倦，吩咐徐阶惩诫，徐阶只是传谕言官，自行省改，事情又平息下去了。这样度过隆庆元年。
二年正月，居正加少保兼太子太保。
这一年的上半年，政局又发生了一些波浪。内阁里面，除了徐阶、居正，只有李春芳、陈以勤，都是忠厚长者，本来不会有什么波浪的。波浪却发生在皇帝底宫中。穆宗是一个宽厚的人，但是他爱玩好，爱游幸。这算得什么呢？但是古代的大臣，对于皇上私人的行为，负有政治上的责任。徐阶一再谏阻，免不了皇帝左右底厌恶。六月间，穆宗又要幸南海子，而徐阶再来一次切谏。也许穆宗委实有些厌倦了，也许他还不十分清楚，他毕竟往南海子去了。七月间，给事中张齐又给徐阶提出一次弹劾。终于徐阶也致仕了，十七年的大学士，七年的首辅，就在隆庆二年七月间舍弃了北京的政治生活，回到江南的故乡。临行的时候，徐阶把朝廷大事和个人家事，一切都托付给居正。朝廷大事，居正当然应当担当的。徐家的事，也许还有一些曲折。徐阶三个儿子，当徐阶在朝的时候，在家乡委实有些作威作福。尽管父亲在那里高讲心性之学，但是儿子们所爱的只是钱财。亲戚陆家底家长死了，孩子还小，巨万的家财，都到了徐家。家乡底怨讟，正在那里滋长，连在北京城里，也成了公开的消息。齐康不曾为此提出弹劾吗？高拱致仕了，但是会不会长在林下，谁都不能说。徐阶知道自己是林下的人了，处处都得提防。他只有吩咐居正，他知道惟有居正，是自己一手提拔的人，也惟有居正，可以替自己担当这些大事。（参书牍三《答上师相徐存斋十八》）
和徐阶分别以后，居正给他一封信：
不肖受知于老师也，天下莫不闻；老师以家国之事，托之于不肖也，天下亦莫不闻。丙寅之事，老师手扶日月，照临寰宇，沈几密谋，相与图议于帷幄者，不肖一人而已。既而获被末光，滥蒙援拔，不肖亦自以为不世之遇，日夜思所以报主思、酬知己者。后悟人事不齐，世局屡变，使老师经纶匡济之业，未获尽纾；不肖感激图报之心，竟成隔阂。故昨都门一别，泪簌簌而不能止，非为别也，叹始图之弗就，慨鄙意之未伸也。天实为之，谓之何哉！大丈夫既以身许国家，许知己，惟鞠躬尽瘁而已，他复何言。（书牍十四《答上师相徐存斋一》）
“丙寅之事”，指立穆宗、发遗诏的事。这一书看出徐阶和居正中间的密切关系。其后隆庆四年，居正又有一书，述及在两度政潮中自己底立场：
捧读台翰，涕泗交零。以不肖之浅薄，猥辱老师甄陶引拔，致有今日，恩重于丘山，报微于毫末。元年之事，选愞自立，不能昌言，以树正帜，一罪也。及谗言外哄，中人内构，不能剖心以明老师之诚节，二罪也。公旦远避流言，于今三年，不能以一语寤主，使金滕久闭，郊礼不行，三罪也。今日之事，惟以逭积慝而释大惭耳，其视古人所以报知己，何如哉！翰教远贻，弥以为媿。计自今以往，世局又当一新矣。冥鸿迹远，缯缴安施？惟强饭自持，以慰耿耿。（同卷《答上师相徐存斋七》）
此书大致作于隆庆四年，最迟不出五年。三年十二月高拱召还，兼掌吏部。所谓“世局又当一新”者，自指高拱复政事。“冥鸿迹远”两句，给徐阶一些安慰。大致高拱复政以后，徐阶寒心，所谓“台翰”，当然又是一番吩咐，所以居正再与安慰。此书又可见出隆庆二年徐阶底失败，完全是因为内监们底攻击，所谓“中人内构”者指此。明白了徐阶失败底原因，便可以明白高拱复政底原因。一个宽厚的皇帝，自己不能亲政，和士大夫间失去了应有的联系，一切的耳目，寄在内监身上，政治上的波澜，都从宫庭中发出，这是穆宗底失策。明史责备穆宗“柄臣相轧，门户渐开，而帝未能振肃乾纲，矫除积习”，（《明史》卷一九《穆宗本纪赞》）只是一个平庸的论断。
徐阶去位，李春芳代为首辅，政权应当是春芳的了，但是春芳只是一个好好先生，谈不上什么作为。到八月间，居正上陈六事疏。六事是：（一）省议论，（二）振纪纲，（三）重诏令，（四）核名实，（五）固邦本，（六）饬武备。这是居正底大政方针。有什么远大的政见？没有的，这里只有平凡的见地，没有高超的理论。居正不是政论家，他只是一个现实的大臣。一切的主张，都针对当时的需要。省议论，核名实，饬武备三事，对于现代的国家都有相当的价值，移录如次：
一、省议论臣闻天下之事，虑之贵详，行之贵力，谋在于众，断在于独。汉臣申公云，“为治不在多言，顾力行何如耳。”臣窃见顷年以来，朝廷之间，议论太多，或一事而甲可乙否，或一人而朝由暮跖，或前后不觉背驰，或毁誉自为矛盾，是非淆于唇吻，用舍决于爱憎，政多纷更，事无统纪。又每见督抚等官，初到地方，即例有条陈一疏，或漫言数事，或更置数官。文藻竞工，览者每为所眩，不曰“此人有才”，即曰“此人任事”。其实莅任之始，地方利病，岂尽周知？属官贤否，岂能洞察？不过采听于众口耳。读其辞藻，虽若烂然，究其指归，茫未有效，比其久也，或并其自言者而忘之矣。即如昨年，皇上以虏贼内犯，特敕廷臣，集议防虏之策，当其时，众言盈庭，群策毕举，今又将一年矣，其所言者，果尽举行否乎？其所行者，果有实效否乎？又如蓟镇之事，初建议者曰，“吾欲云云”，当事者亦曰，“吾欲云云”，曾无几何，而将不相能，士哗于伍，异论繁兴，讹言隆至，于是议罢练兵者，又纷纷矣。臣窃以为事无全利，亦无全害，人有所长，亦有所短，要在权利害之多寡，酌长短之所宜，委任责成，庶克有济。今始则计虑未详，既以人言而速行，终则执守靡定，又以人言而遽止，加之爱恶交攻，意见横出，谗言微中，飞语流传，寻之莫究其端，听之不胜其眩，是以人怀疑贰，动见诪张，虚旷岁时，成功难睹。语日，“多指乱视，多言乱听！”此最当今大患也。伏望皇上自今以后，励精治理，主宰化机，扫无用之虚词，求躬行之实效。欲为一事，须审之于初，务求停当，及计虑已审，即断而行之，如唐宪宗之讨淮蔡，虽百方阻之，而终不为之摇。欲用一人，须慎之于始，务求相应，既得其人，则信而任之，如魏文侯之用乐羊，虽谤书盈筐，而终不为之动。再乞天语，丁宁部院等衙门，今后各宜仰体朝廷省事尚实之意，一切章奏，务从简切，是非可否，明白直陈，毋得彼此推诿，徒托空言。其大小臣工，亦各宜秉公持正，以诚行直道相与，以勉修职业为务，反薄归厚，尚质省文，庶治理可兴，而风俗可变也，伏乞圣裁。
一、核名实臣闻人主之所以驭其臣者，赏罚用舍而已。欲用舍赏罚之当，在于综核名实而已。臣每见朝廷欲用一人，当事者辄有乏才之叹，窃以为古今人材，不甚相远，人主操用舍予夺之权，以奔走天下之士，何求而不得，而曰“世无才焉”！臣不信也。惟名实之不核，拣择之不精，所用非其所急，所取非其所求，则士之爵禄不重，而人怀侥幸之心，牛骥以并驾而俱疲，工拙以混吹而莫辨，才恶得而不乏，事恶得而有济哉！臣请略言其概。夫器必试而后知其利钝，马必驾而后知其驽良，今用人则不然。称人之才，不必试之以事，任之以事，不必更考其成，及至偾事之时，又未必明正其罪。椎鲁少文者，以无用见讥；而大言无当者，以虚声窃誉；倜傥伉直者，以忤时难合；而脂韦逢迎者，以巧宦易容。其才虽可用也，或以卑微而轻忽之；其才本无取也，或以名高而尊礼之；或因一事之善，而终身借之以为资；或以一动之差，而众口告之以为病。加以官不久任，事不责成，更调太繁，迁转太骤，资格太拘，毁誉失实。且近来又有一种风尚，士大夫务为声称，舍其职业，而出位是思，建白条陈，连篇累牍，至核其本等职业，反属茫昧。主钱谷者，不对出纳之数，司刑名者，未指律例之文。官守既失，事何由举？凡此皆所谓名与实爽者也。如此则真才实能之士，何由得进？而百官有司之职，何由得举哉？故臣妄以为世不患无才，患无用之之道。如得其道，则举天下之士，唯上之所欲为，无不应者。臣愿皇上慎重名器，爱借爵赏，用人必考其终，授人必求其当，有功于国家，即千金之赏，通侯之印，亦不宜吝；无功国家，虽嚬笑之微，敝绔之贱，亦勿轻予。仍乞敕下吏部，严考课之法，审名实之归，遵照祖宗旧制，凡京官及外官，三、六年考满，毋得概引复职，滥给恩典，须明白开具“称职”，“平常”，“不称职”，以为殿最。若其功过未大显著，未可速行黜涉者，乞将诰册、勋阶等项，酌量裁与，稍加差等，以示激劝。至于用舍进退，一以功实为准，毋徒眩于声名，毋尽拘于资格，毋摇之以毁誉，毋杂之以爱憎，毋以一事概其平生，毋以一眚掩其大节。在京各衙门佐贰官，须量其才器之所宜者授之，平居则使之讲究职业，赞佐长官。如长官有缺，即以佐贰代之，不必另索。其属官有谙练故事、尽心官守，九年任满者，亦照吏部升授官职，高者即转本衙门堂上官。小九卿堂官品级相同者，不必更相调用。